在取消进攻叶赫部的计划之后，努尔哈赤也正式在建州军民中组织黄、白、红、蓝西旗。
待每旗按地域、按族别以 300人一牛录划分完毕。又正式任命各牛录额真，各甲喇额真和固山额真。所有额真都是有军功或军功卓著之人。大家也心服口服。
而雅尔合齐这批秘密情报人员，也同样以牛录、甲喇和固山组织。尽管各牛录额真，各甲喇额真和固山额真所管人数都不多，但待遇却极丰厚。雅尔哈齐也自是情报系统的固山额真。
也是为训练新组建的各旗综合作战能力。努尔哈赤仍象在当初赫图阿拉时那样，在费阿拉城外，专门开辟出一块很大的训练场地。同样建起土丘、沟壑、河流和假城堡。
此时此刻，除各旗安排出从事农耕、狩猎、采集、纺织、打铁的人手外，其他所有在旗的旗兵，每天都要集中在一起加强训练。不但练习骑马射箭，攻城掠地，更要练习刀、枪之术，且一上场，都要木刀木枪厮杀。并规定只有进，没有退。表现优秀者受赏，怯者或退缩者受罚，甚至处死。
随后又详细规定，凡是赏， 又可以是赏奴婢、牛马、财物。罚，则或囚、或夺其军民，或夺其妻妾、奴婢、家财，或贯耳，或射死。到真遇战争，更是如此。
训练中，努尔哈赤、舒尔哈齐和雅尔哈齐，还有所有将领自是都要在旗兵，接受训练，毫无特殊情况可言。
努尔哈赤这套严厉的军事制度，也是最终贯彻到了他军事生涯的始终。
在对所有在旗旗兵进行严厉训练的同时，各旗所有战兵也要全部接受严格训练。
这次训练战马，又是与以往完全不同。不但仍保持在野外放养，一首不避风雨严寒，还不再喂粮食。随后，又是故意将几万匹战马，轰赶到无草无树的空旷地带，待连续将它们饥过五六天后，又是骑上它们持续奔跑。跑不动的，自是要全部陶汰。
如此，反复训练，马不但抗寒抗暑能力进一步加强，而且还能够完全在饥饿状态下奔跑上百里。
经过如此训练之后，又开始训练西旗的协同作战能力。其中，又包括攻城和平原冲击能力。
攻城时，黄、白、红、蓝西旗，将分别占据城堡的东西南北西面。同时攻击，各自为战。平原冲击时，又是红、白为左、左翼，黄、蓝做正面或前后冲击。反之亦然。而每一旗中，仍同样分出重甲兵（即死兵）和轻甲兵（即锐兵）兵种。
一旦发起冲击，仍是死兵在前，锐兵在后。死兵披重甲，骑双马，一匹马战死后，再骑另一匹马继续作战。且不得后退半步。否则，将被后面的锐兵截杀。
紧接着，也是为适应大规模作战需要，努尔哈赤又将各旗中年富力强的妇女组织起来训练。成立后备队，一旦遇有大规模大战，人员不够用，这些女人也将同时开赴战场。
当然，经过一系列训练之后，这些身为女旗兵的骑术和弓箭同样都不输于男人。
与此同时，为简化管理，努尔哈赤又将西旗制度很快推行到了各部族的生产和生活中。
生活方面自不必说，基本上，都由牛录带领几个人，把本牛录族人的基本生活都承包了下来。
生产上，平日里，各旗族人又是分别耕田种地，纺棉织布、放牧牛马，打猎采集。每旗互不干涉，多劳多得。
随后的事实也很快证明，努尔哈赤正是运用“旗”这一创举，很快把分散在整个建州之地的十多万族人严密地组织了起来。
这一日，努尔哈赤让舒尔哈齐准备礼物，准备带上雅尔哈齐去再度拜访李成梁和张楫。不想，还未动身，就驻守山口的卜依寨旗人飞马来报，说乌拉部首领乌拉部首领布占泰前来拜见龙虎将军。现在在三十里外山口扎营，明日上午就要到达费阿拉城。
努尔哈赤一首很喜欢这个布占泰，一听说人他来了，自是高兴。赶紧吩咐下去，明日好好款待布占泰。
雅尔哈齐听了，心中却莫名地有一种异样感觉。也说不上为什么异样。他只感觉，今天春上，这个布占泰己经来过一次费阿拉城了。这次来，己经是这一年的第二次了。
当然，雅尔哈齐自是知道，布占泰与建州的关系极为特殊，尤其深得努尔哈赤宠爱。
那一年，叶赫部组织九部联军攻打建州，乌拉部首领满泰也派他弟弟布占泰率兵参加。随后，九部联军遭到重创，布占泰被俘。
当时，也是为牵制乌拉部。努尔哈赤便将布占泰扣留在费阿拉城中。一留就是三年。三年中，努尔哈赤对他可谓关怀有加，还格外将自己的西女穆库什许配给他。
不想，后来布占泰的哥哥满泰被堂叔兴尼牙设计杀害，乌拉部大乱。努尔哈赤便迅速释放布占泰回乌拉，并派亲族图尔坤煌占和博尔坤费扬古两员大将护送。
布占泰到达乌拉，堂叔兴尼牙万般刁难，不准他进城，接着，又想图谋害他。无奈有图尔坤煌占和博尔坤费扬古护在左右，无从下手。随后，布占泰得到城内宗族支持，这才得以成为乌拉部头领。
布占泰回乌拉后，倒是一真与建州保持密切关系。
布占泰回到乌拉的第二年，为表达对努尔哈赤的感激之情，便将妹妹呼奈带来费阿接城，嫁给了舒尔哈齐为妻。第三年，又带300人和厚礼再次来到费阿拉，向努尔哈赤再次表达感激之情。
努尔哈赤见了，自是很受感动，又是做主，将舒尔哈赤的女儿额实太许配给布占泰，并赏盔甲30副、敕书10道 。
不过，这一年，布占泰来得有些频繁。频繁还频繁在，在哈达部归服前，布占泰己来过一次，并向努尔哈赤再次提出结亲。努尔哈赤便再次做主，将舒尔哈齐的另一个女儿娥恩姐许配给他。
可是，这才刚刚过去几个月过去，当努尔哈赤组建西旗，并再次大练兵之后，布占泰又再次来到了费阿拉。
据说，还带来了他哥满泰十二岁的女儿阿巴亥，要赠送给努尔哈赤为妻。