大明商路的繁荣如日中天，吕文斌站在「镇天号」宝船的甲板上，望着往来如织的商船。苏晚晴手持最新绘制的《寰宇商路图》，林墨调试着新研发的「星轨导航仪」，叶清瑶将特制的「护航丹」分发给船员，柳如烟则巡视着舰队，铠甲上的龙鳞在阳光下熠熠生辉。
突然，远处的天空泛起诡异的紫色涟漪，一艘艘印着倒悬龙纹的透明商船从虚空中浮现。这些商船没有实体，却能清晰看到船舱内堆满散发着幽光的「虚空晶矿」。林墨的探测仪疯狂报警：“检测到未知物质！这些晶矿的能量波动...比逆熵晶核还要强大百倍！”
沈明远紧急传来消息：“陛下！江南商会的商船在海上莫名失踪，只留下残破的船帆，上面印着奇怪的符文！”月璃女王也发来飞鸽传书：“西域商路的驼队遭遇沙暴，可这沙暴中竟传出诡异的机械轰鸣！”
吕文斌眼神一凛，系统突然弹出神秘提示：「天机罗盘现世，持有者可掌控时空商路走向」。苏晚晴展开天机卷，却发现卦象全部被一片迷雾笼罩：“文斌，这次的危机比以往都要复杂，幕后黑手似乎能干扰天机推演。”
就在此时，阿依娜的虚影突然出现在舰队上空。她不再是曾经的敌人模样，而是身着一袭素色长袍，手中捧着一个刻满古老星图的罗盘：“吕文斌，还记得我曾说过，自己只是棋子吗？现在，真正的执棋人要来了。这枚天机罗盘，本是朱元璋为守护大明商路所造，却被更强大的存在篡改了用途。”
柳如烟提刀欲上，却被吕文斌拦住。阿依娜继续说道：“持有罗盘的人，能将任何商路化作虚空陷阱。你们看到的透明商船，就是被吸入虚空的大明商队。而我...不过是被派来给你送个口信——三日后，东海「归墟之眼」，带着你的人来赴死吧。”
虚影消散后，林墨快速分析：“阿依娜的能量波动很奇怪，不像是伪装，倒像是被某种力量操控后留下的残影。”叶清瑶握紧吕文斌的手：“文斌，这次我们该怎么办？”
吕文斌握紧拳头，龙纹战剑出鞘：“召集所有商会首领、舰队统帅！不管对方是谁，胆敢破坏大明商路，就必须付出代价！”他转头看向西女，眼神中满是坚定：“这次，我们不仅要夺回天机罗盘，还要彻底揭开所有阴谋的真相。”
而在归墟之眼深处，一个身披黑袍的身影正转动着天机罗盘。罗盘指针每转动一次，就有一条商路从现实中消失。黑袍人发出低沉的笑声：“吕文斌，你以为打败了暗面就天下无敌了？这一次，我要让你亲眼看着大明的商业帝国，在虚空中彻底湮灭...”
东海归墟之眼，海水呈现出诡异的墨色，巨大的漩涡仿佛能吞噬一切。吕文斌率领着大明最精锐的舰队抵达时，却发现这里空无一人。林墨的探测仪显示：“周围空间被严重扭曲，就像...一个个随时会闭合的陷阱。”
苏晚晴展开仅剩的半张天机卷，勉强推算出：“文斌，我们正处在一个巨大的时空迷宫中，每走错一步，就会被永远困在某个时空节点。”话音未落，柳如烟突然大喊：“小心！”只见无数透明商船从漩涡中冲出，船头射出的不是箭矢，而是一道道紫色光束，所到之处，海水瞬间蒸发。
郑海指挥舰队反击，「龙魂炮」的攻击却穿过透明商船，毫无作用。叶清瑶将「破虚丹」投入海中，丹药爆炸产生的能量波，终于让部分商船显形。吕文斌抓住机会，率领玄甲军跳上敌船，却发现船上没有船员，只有一具具刻满倒悬龙纹的青铜傀儡。