吕文斌站在融合后的大明皇宫前，看着眼前荒诞又震撼的景象：左侧广场上，身着道袍的修仙者正操控着飞剑演练剑阵，剑气纵横间，竟与右侧机械军团的激光炮轰出的能量波碰撞出绚丽的火花；前方御道上，魔法学徒骑着扫帚低空飞过，身后还跟着几个扛着蒸汽动力投石机的工匠。朱标坐在由灵鹿与机械兽混合拉动的龙辇上，一脸无奈地看着混乱的场景。
“吕爱卿，再不想办法，这皇宫都要被拆了！”朱标话音未落，远处突然传来一声巨响，只见一只西方巨龙撞破云层，却被隐藏在云层中的修仙者祭出的八卦阵困住，龙尾扫过之处，魔法学院的浮空城堡与蒸汽朋克风格的飞艇差点相撞。
吕文斌迅速打开系统商城，兑换了“跨文明通讯器”，这种形似玉佩的装置能自动翻译所有语言。他将通讯器分发给各方势力首领，召集他们在太极殿议事。
太极殿内，气氛剑拔弩张。手持魔杖的魔法师冷笑：“凭什么听你一个凡人的？”机甲军团统帅则不屑地敲击着胸前的能量核心：“我们的科技领先千年，该由我们主导。”修仙门派的掌门抚着胡须，周身灵气流转：“尔等旁门左道，怎比我正统仙法？”
吕文斌不慌不忙，抬手示意众人安静。他命人抬出一个巨大的沙盘，上面投射出全息影像，展示着各个文明的优势：“魔法师能瞬间改变天气，为农田灌溉；修仙者可探查千里，预警灾害；机械科技能快速建造城市……但如果我们各自为战，迟早会毁掉这个融合世界。”
他的话引起了一阵骚动，这时，一个身着法老服饰的身影走进殿内——正是古埃及的女祭司。她举起太阳石，光芒照亮全场：“此人曾拯救我的文明，或许真有办法。”
在吕文斌的提议下，各方势力开始尝试合作。他利用系统奖励的“文明调和剂”，研发出能兼容魔法、灵气与科技的特殊能源——“混元晶”。机械军团用混元晶改造动力系统，魔法学院将其融入魔法阵，修仙者则用来炼制新型法宝。
然而，并非所有人都愿意接受和平共处。一个自称“混沌教”的神秘组织悄然崛起，他们信奉混乱与毁灭，西处煽动冲突。一天夜里，混沌教突袭了正在建设中的万界贸易港，释放出能腐蚀魔法、科技与灵气的“熵之雾”。
吕文斌立刻启动应急方案。他指挥修仙者用净化符阵抵御雾气，魔法师施展冰系魔法将雾气冻结，机械军团则发射中和弹。混乱中，他发现混沌教的幕后黑手竟是未来组织首领的残魂，对方附身在一个蒸汽朋克风格的改造人身上，狞笑着说：“你以为整合文明就能稳定时空？太天真了！”
战斗进入白热化时，吕文斌突然想起系统曾奖励的“因果律武器”。他掏出一把看似普通的毛笔，在虚空中写下“秩序”二字，笔锋所过之处，熵之雾竟开始逆向消散。混沌教成员惊恐地发现自己的身体逐渐透明，最终化作光点消散。
此战过后，各方势力终于意识到团结的重要性。吕文斌趁热打铁，主持召开万界大会，签署《时空联邦公约》。他拿出系统生成的“联邦宪章”，上面明确规定：每个文明保留特色，但需共同维护时空稳定；设立联邦议会，由各方代表共同决策。
就在时空联邦步入正轨时，系统发出紧急警报：“创世核心即将暴走！检测到核心位置在时空夹缝中的‘归墟之地’！”吕文斌带领联邦精锐前往归墟，却发现这里是一片漂浮着无数文明碎片的混沌空间，创世核心如同巨大的心脏般跳动，每一次搏动都引发时空震荡。
归墟中还存在着更可怕的威胁——由所有文明负面情绪汇聚而成的“虚暗之影”。虚暗之影化作各个首领心中最恐惧的形象，试图瓦解联邦队伍。机械统帅看到自己的机甲军团被摧毁，魔法师目睹魔法彻底失效，修仙者则陷入走火入魔的幻境。
吕文斌也未能幸免，他看到大明因时空混乱而分崩离析，朱标、朱元璋等好友一一消散。但他咬牙唤醒系统：“兑换‘信念增幅器’！”一道金光笼罩全身，他大声喊道：“我们走到这一步，不是为了被恐惧打败！”
众人在他的鼓舞下，纷纷冲破幻境。修仙者祭出本命法宝，魔法师吟诵古老咒语，机械军团启动最大功率。吕文斌则将太阳石与混元晶结合，形成一道光柱射向创世核心。在各方力量的共同作用下，创世核心逐渐恢复平静，散发出温暖的光芒，将归墟之地重塑为美丽的“万界中枢”。
当众人返回大明时，天空出现了象征和平的彩虹，每个文明的标志性建筑都漂浮在云端。吕文斌站在联邦议会大厦前，看着不同种族、不同文明的代表和谐共处，系统提示音响起：“终极任务完成！奖励：成为时空联邦终身议长，获得系统永久管理权！”
夕阳下，吕文斌展开折扇，笑望这来之不易的和平。他知道，守护万界的故事，才刚刚开始……