龙魂星舰冲破遗忘星域外围的量子迷雾时，舷窗外的景象令众人瞳孔骤缩。数以千计的大明宝船残骸悬浮在虚空，船帆上锈迹斑斑的"大明商道"旗帜在暗物质流中飘荡，每艘船的甲板上都布满诡异的黑色纹路，如同被某种邪恶力量啃噬过的伤口。
"这不可能..."沈明远的声音带着颤抖，郑和船队的航海图残卷在他手中剧烈发烫，"当年郑和七下西洋，最后一支船队失踪前传回的密信说发现了'天外商路'，难道就是这里？"他展开残卷，原本空白的背面突然浮现出血色字迹："宝船藏秘钥，星火引魔瞳"
吕文斌的本源商核剧烈震动，商魂之器自动悬浮在空中，散发出的光芒与最近一艘宝船的桅杆产生共鸣。就在众人准备登船时，星舰的警报突然炸响。十二艘漆黑如墨的战船从宝船残骸后驶出，船首雕刻着狰狞的睚眦兽首，船帆上印着"星盟余孽·大明分部"的暗纹。
"是郑芝龙的幽灵舰队！"郑若璃脸色煞白，她脖颈处的月牙胎记泛起红光，"我曾在家族密档里见过记载，当年郑芝龙勾结星盟企图颠覆大明商道，被郑和舰队击溃后，他的残部带着半块商道秘钥消失了！"
为首的战船甲板上，一个身着绣金蟒袍的身影缓步走出。此人面容阴鸷，额间镶嵌着星盟特有的菱形晶体，手中把玩着半块刻有"宝船坞"字样的青铜令牌："吕文斌，别来无恙？我是郑芝龙的第七代孙，郑无涯。"他抬手一挥，幽灵舰队同时亮起炮口，"交出三把钥匙，我饶你们全尸。"
苏晚晴突然抓住吕文斌的手，天机卷无风自动，卦象显示的却是一片血红："文斌，他身上有天道之主残念的气息！而且这些战船的动力核心，是用商道契约炼制的邪器！"
吕文斌握紧商魂之器，金色光芒与郑无涯的黑色气息碰撞出剧烈火花。就在这时，柳如烟突然冲向最近的宝船残骸，她长刀出鞘，斩断缠绕在船身上的黑色藤蔓："大家分头行动！我去寻找宝船坞的建造图纸，那是破解幽灵舰队的关键！"
叶清瑶与林墨则冲向另一艘宝船，机械少女的眼睛扫描到船舱内有生命迹象："里面有被囚禁的大明工匠！他们身上带着建造宝船的'榫卯密码'！"
吕文斌与苏晚晴正面迎敌。郑无涯狞笑着激活额间晶体，无数黑色锁链从战船中飞出，缠绕在龙魂星舰上。"知道为什么天道之主选中我吗？"他扯开衣领，胸口浮现出与天道之影相似的龙纹，"因为郑家世代守护的，正是被污染的商道本源火种！"
千钧一发之际，沈明远带着一群商人从星舰中冲出。这些人高举写有"大明商道，诚信为本"的战旗，战旗上的金丝在战斗中不断闪烁——那是用历代商人的诚信契约编织而成的防御结界。"陛下！我们用江南商会三百年的信誉担保，定能撕开这邪阵！"
郑若璃突然咬破指尖，将鲜血滴在郑和船队的星图匕首上。匕首发出龙吟般的嗡鸣，首指郑无涯手中的青铜令牌："先祖留下的密语说，郑家血脉才是打开宝船坞的钥匙！"她脖颈的胎记与令牌产生共鸣，幽灵舰队的炮火突然出现瞬间停滞。
吕文斌趁机发动商魂之器的最强一击，金色光芒如同一把巨斧，劈开了笼罩在宝船残骸上的黑暗。但在光芒消散的刹那，众人惊恐地发现，郑无涯的身影己经消失，而宝船坞的入口处，赫然插着一把刻有"星火将熄，魔瞳将醒"的断剑...
战斗结束后，叶清瑶在救治工匠时发现了惊人的秘密。一位老工匠在昏迷前，塞给她半块刻有"永乐"年号的玉佩，玉佩内侧用极小的字刻着："火种在紫禁城，当心司礼监" 而此时的龙魂星舰上，苏晚晴的天机卷突然出现新卦象——一个戴着乌纱帽的身影，正站在熊熊燃烧的商道火种前，露出诡异的笑容。